Từ năm 1931, Trần được giao nhiệm vụ trấn áp Hồng quân. Trong hàng loạt chiến dịch tìm kiếm chủ lực Hồng quân, quân của Trần tổn thất nặng nề. Trong chiến dịch lần thứ 5, ông cuối cùng cũng đánh bại được Hồng quân, buộc họ phải tiến hành Vạn lý Trường chinh.

Những chiến dịch chống cộng kết thúc sau Sự biến Tây An, khi Tưởng và giới chức Quốc dân đảng buộc phải đồng ý hợp tác với phe Cộng sản kháng Nhật.